Lokasi pengelolaan karbon biru ditetapkan oleh Menteri Kelautan dan Perikanan (untuk ruang laut di perairan pesisir) atau oleh Menteri/gubernur/bupati-wali kota (untuk Area Penggunaan Lain), berdasarkan kriteria keberadaan ekosistem karbon biru, status/legalitas tanah, dukungan sosial-ekonomi, kondisi biofisik, dan sinergi kegiatan lain (Pasal 4). Pelaku Usaha juga dapat mengusulkan lokasi di luar yang telah ditetapkan dengan mengajukan Dokumen Studi Kelayakan, dinilai Dirjen dalam 7 Hari dan diputuskan (setuju/tolak) dalam 5 Hari (Pasal 5).
Pelaku Usaha mengajukan permohonan Perizinan Berusaha secara daring melalui sistem OSS untuk memperoleh NIB dengan KBLI 03213 (budi daya tumbuhan air laut) atau 03233 (budi daya tumbuhan air payau). Dokumen persyaratan diunggah dan diverifikasi oleh Dirjen (kelengkapan & kesesuaian); hasil verifikasi disampaikan kembali via OSS, dan bila lengkap permohonan disetujui — proses ini memakan waktu hingga 14 Hari (Pasal 12; Lampiran II poin Ketentuan Verifikasi).
Sebelum menyampaikan proyek, Pelaku Usaha melakukan pendaftaran akun, pengisian data umum, dan pengisian data teknis pada SRUK. Selanjutnya Pelaku Usaha menyusun dan menyampaikan DRAM (Dokumen Rencana Aksi Mitigasi) atau DPP (Dokumen Perancangan Proyek) kepada Menteri melalui Direktur Jenderal via SRUK dan/atau sistem informasi Kementerian (Pasal 13 ayat 1–3).
Direktur Jenderal memeriksa DRAM/DPP berdasarkan 7 kriteria: eligibilitas entitas, kelengkapan izin berusaha, kesesuaian ruang lingkup Aksi Mitigasi, kesesuaian skema sertifikasi, kelengkapan Safeguard, rencana pemanfaatan Unit Karbon, dan tidak adanya tumpang tindih lokasi/periode dengan proyek lain — pemeriksaan ini dilakukan dalam waktu paling lama 5 Hari (Pasal 14 ayat 1–11).
Jika hasil pemeriksaan sesuai ketentuan, Direktur Jenderal atas nama Menteri menerbitkan surat pemberitahuan penerimaan dan pengakuan pencatatan Aksi Mitigasi Perubahan Iklim, sekaligus melakukan pencatatan resmi pada SRUK — paling lama 5 Hari. Jika tidak sesuai, DRAM/DPP dikembalikan ke Pelaku Usaha dalam 3 Hari (Pasal 14 ayat 12–13).
Setelah proyek tercatat di SRUK, DRAM/DPP divalidasi oleh Lembaga Validasi Independen sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan, untuk memastikan rencana aksi mitigasi memenuhi standar sebelum dilaksanakan (Pasal 9 huruf b; Pasal 15 ayat 2 huruf a).
Berdasarkan DRAM/DPP yang telah tervalidasi dan tercatat pada SRUK, Pelaku Usaha (Project Proponent) melaksanakan Aksi Mitigasi Perubahan Iklim Offset Emisi GRK sesuai rencana yang telah disusun (Pasal 9 huruf c; Pasal 15 ayat 1).
Capaian pelaksanaan Aksi Mitigasi diverifikasi oleh Lembaga Verifikasi Independen untuk mengonfirmasi hasil pengurangan/penyerapan emisi GRK yang sebenarnya dicapai di lapangan, sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku (Pasal 9 huruf d; Pasal 15 ayat 2 huruf b).
Pelaku Usaha mengajukan permohonan rekomendasi penerbitan SPE GRK (skema nasional) dan/atau persetujuan penerbitan non-SPE GRK (skema lembaga standar karbon internasional) kepada Menteri melalui Dirjen, disertai dokumen hasil validasi dan verifikasi. Dirjen memeriksa kelengkapan dokumen dan riwayat kepatuhan izin (maks. 14 Hari), lalu mengusulkan rekomendasi ke Menteri (3 Hari), yang kemudian menerbitkan rekomendasi/persetujuan (5 Hari). Unit Karbon yang terbit dicatatkan pada SRUK (Pasal 16–19).
Unit Karbon yang telah diterbitkan dapat diperdagangkan di dalam negeri (melalui Bursa Karbon dan/atau perdagangan langsung) atau ke luar negeri (dengan atau tanpa Otorisasi dan Corresponding Adjustment, tergantung pemenuhan Artikel 6.2/6.4 Persetujuan Paris atau perdagangan sukarela). Setiap transaksi wajib dicatatkan pada SRUK paling lambat 2 Hari sejak transaksi dilakukan (Pasal 11).
Hasil transaksi perdagangan Unit Karbon dikenakan kewajiban pembayaran Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP), sebagai bagian dari kewajiban Pelaku Usaha selain laporan pelaksanaan aksi mitigasi dan pembagian manfaat (benefit sharing) dengan proporsi terbesar untuk masyarakat (Lampiran II — Ketentuan Kewajiban).